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中國水產科學研究院黃海水產研究所是國家成立最早的綜合性海洋漁業研究機構。其前身為“農林部中央水產實驗所”，1946年8月籌建、1947年1月正式成立于上海，1949年9月遷至青島。依隸屬關系變遷，先后被命名為“中央人民政府食品工業部水產實驗所”“中央人民政府農業部水產實驗所”“中華人民共和國水產部海洋水產研究所”“國家水產總局黃海水產研究所”等，1982年改為現稱。

建所76年來，黃海水產研究所緊緊圍繞“海洋生物資源開發與可持續利用研究”這一中心任務，在“漁業資源與生態環境”“種子工程與健康養殖”和“水產加工與質量安全”等領域取得了300多項國家和省部級成果，其中國家級獎勵45項，為我國魚、蝦、蟹、貝、藻、參等海水增養殖業作出了開創性貢獻；拉開了新中國漁業資源調查的序幕，為中國漁業生物學和漁場海洋學研究作出奠基性貢獻；首次提出“種魚與開發水上牧場”即“水產農牧化”的科學思想，開創了我國北方人工魚礁的建設與發展工作；開拓了中國海洋生態系統動力學和大海洋生態系研究，為中國漁業科學與海洋科學多學科交叉和生態系統水平海洋管理基礎研究進入世界先進行列作出了突出貢獻。以第一完成單位獲得國家級獎勵22項，其中全國科學大會獎8項；國家科技進步一等獎2項、二等獎5項、三等獎1項；國家技術發明二等獎3項、三等獎1項、四等獎1項；國家自然科學三等獎1項等。授權專利1000余件，其中發明專利740余件。以第一完成單位培育出水產養殖新品種18個。在國內外專業期刊發表學術論文約9000篇，出版專著219部，編輯出版學術刊物《漁業科學進展》（其前身為《海洋水產研究》，2009年改為現名）。

近年來，黃海水產研究所面向世界海洋漁業科技前沿，面向國家實施創新驅動發展、建設海洋強國和實現鄉村振興的戰略需求，取得了多項高水平的創新成果：率先提出了“碳匯漁業”新理念，發展了碳匯漁業理論、方法和技術體系，將海水養殖由傳統產業提升為戰略性新興產業；在南極磷蝦資源探查與評估技術、資源管理等方面進行了創新研究；完成首個比目魚類全基因組測序和精細圖譜繪制，為我國在水產基因組學技術領域領跑世界奠定基礎；建立并已經產業化推廣的多營養層次綜合養殖模式（IMTA）引領了世界海水養殖業可持續發展的方向；提出了建立水產養殖容量管理制度是解決水產養殖發展與生態環境協同共進的重大舉措，在世界上具首創意義；提出了國際視野下的我國海洋牧場建設與發展策略，對于推動我國海洋牧場綠色高質量發展具有重要指導意義；為我國第一個生物資源養護行動實施計劃—《中國水生生物資源養護行動綱要》、國務院第一個海洋漁業文件—《關于促進海洋漁業持續健康發展的若干意見》和新中國成立以來第一個經國務院同意、專門指導水產養殖業綠色發展的綱領性文件—《關于加快推進水產養殖業綠色發展的若干意見》等國家文件的形成提供基礎性支撐。

現有在職職工409人，其中中國工程院院士3人，高級專業技術人員188人；博士生導師22人、碩士生導師85人；設有博士后科研工作站，進站博士后已達160余人。國家級有突出貢獻專家3人，國家“百千萬人才工程”入選6人，享受國務院政府特殊津貼64人；中華農業英才獎獲得者3人，“慶祝中華人民共和國成立70周年紀念章”獲得者18人，全國首屆創新爭先獎獲得者1人，光華工程科技獎獲得者3人，特殊人才支持計劃3人；全國農業（農業科技）先進工作者2人，全國農村青年致富帶頭人標兵1人；山東省科學技術最高獎獲得者1人，山東省泰山系列人才工程（攀登計劃、特聘專家、產業領軍人才、青年學者）人選13人；農業農村部或山東省有突出貢獻中青年專家29人，農業農村部神農青年英才1人，農業科研杰出人才10人，農業農村部杰出青年農業科學家2人；中國水產科學研究院首席科學家13人；青島市科學技術最高獎獲得者2人，市科技功勛獎1人，市政府特殊津貼4人，市首屆現代海洋英才1人，市突出貢獻人才獎3人，市拔尖人才15人，市創業創新領軍人才1人。擁有全國專業技術人才先進集體1個、中華農業科技優秀創新團隊3個、全國農業科研杰出人才創新團隊8個、山東省優秀創新團隊2個。科研基礎設施齊全。擁有目前國內設施設備最先進、噸位最大海洋漁業綜合科學調查船“藍海101”號（3000噸級），1000噸級海洋漁業資源與環境調查船“北斗”號、300噸級漁業資源與環境調查船“中漁科102”號和100噸級漁業資源與環境調查船“中漁科101”號等四艘漁業科考船。建有海洋漁業科學研究中心（瑯琊基地）、水產遺傳育種中心（即墨基地）和鲆鰈魚類遺傳育種中心（海陽基地）等三個科研基地。擁有國家海洋漁業生物種質資源庫（建筑面積2萬余平方米）、國家水產品質量檢驗檢測中心、農業農村部黃渤海區漁業生態環境監測中心和水產種質與漁業環境質量監督檢驗測試中心。

黃海水產研究所擁有海水養殖生物育種與可持續產出全國重點實驗室、山東長島近海漁業資源國家野外科學觀測站、國家發改委海水養殖裝備與生物育種技術國家地方聯合工程研究中心（青島）、科技部國家科技資源共享服務平臺—國家海洋水產種質資源庫。

黃海水產研究所是國家創新人才培養示范基地，擁有科技部海洋漁業國際科技合作基地、國家外國專家局對蝦良種繁育技術引智基地、農業農村部“一帶一路”海水養殖技術培訓基地和“一帶一路”國際海水養殖產業科技創新院；共建科技部“中國-東盟海水養殖技術‘一帶一路’聯合實驗室”，建有聯合國糧食及農業組織（FAO）水產養殖生物安保與微生物耐藥參考中心、世界動物衛生組織（WOAH）白斑綜合征參考實驗室、傳染性皮下和造血組織壞死病參考實驗室、亞太水產養殖中心網絡（NACA）水生動物健康資源中心等19個國際合作平臺，有19人次專家在全球主要涉漁國際科學組織履約履職。

黃海水產研究所牽頭農業農村部海洋漁業與可持續發展學科群，擁有農業農村部海洋漁業與可持續發展重點實驗室、農業農村部水產品質量安全檢測與評價重點實驗室、農業農村部極地漁業可持續利用重點實驗室和農業農村部海水養殖病害防治重點實驗室等4個部重點實驗室；山東省漁業資源與生態環境重點實驗室、山東省海洋漁業生物技術與遺傳育種重點實驗室、山東省科技領軍人才創新工作室等6個省級科研創新平臺；青島市海洋產物資源與酶工程重點實驗室、青島市海水魚類種子工程與生物技術重點實驗室、青島市海水養殖流行病學與生物安保重點實驗室、青島市對蝦種業關鍵技術重點實驗室、青島市極地漁業資源開發工程研究中心、青島市水產品質量安全檢測與評價技術創新中心和青島市水產種質資源精準鑒定與評價技術創新中心、青島市深遠海養殖裝備與綠色養殖技術創新中心等9個市級科研平臺。

黃海水產研究所始終秉持“愛崗敬業、團結奉獻、求真務實、開拓創新”的核心價值觀和“創新、求實、團結、奮進”的所訓，以建設國際一流的現代化創新型研究所為新時期奮斗目標，致力于推動現代漁業綠色高質量發展，努力為實現我國漁業科技自立自強作出新的、更大的貢獻。