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福建省農業科學院畜牧獸醫研究所，成立于1960年，為福建省公益型研究機構之一，主要從事動物營養、動物遺傳育種、牧草和畜禽疫病防控的研究及其科技服務工作。現有在職職工102人，其中正高級職稱人員14名、副高級職稱人員28名、博士15名、碩士46名；擁有一支科研實力較強、學科設置較全的專業研究隊伍，其中入選國家“百千萬人才” 1人、享受國務院特殊津貼專家4人、福建省“特支雙百計劃人才” 3人、福建省“百千萬人才” 4人、國家水禽產業技術體系崗位專家1人、國家兔產業技術體系試驗站站長1人、福建省生豬產業技術體系首席專家1人、福建省家禽產業技術體系首席專家1人。

下設2個管理科室（辦公室、科管室）、5個重點研究室（動物營養研究室、畜禽育種研究室、禽病研究室、動物病毒研究室、畜病研究室），各重點研究室分別下設研究中心：動物營養研究中心；家禽育種研究中心、豬育種研究中心、家兔育種研究中心、反芻動物育種研究中心；禽病研究中心；動物病毒研究中心；豬病研究中心、草食動物病研究中心、動物支原體研究中心。擁有5個研發平臺（福建省畜禽分子遺傳育種實驗室、福建省畜禽疫病防治工程技術研究中心、動物生物安全三級實驗室、福建省禽病防治重點實驗室和福建省獸用疫苗工程研究中心）、 6個科技服務平臺（國家級科技特派員創業鏈、福建省產學研合作示范基地、福建省生豬產業技術創新聯盟、福建省水禽產業技術創新聯盟、畜禽水產疾病診療中心、福建畜牧獸醫編輯部）、6個科研基地（雞科研基地、鴨科研基地、羊科研基地、兔科研基地、畜禽疫苗效果評價基地和養殖糞污異位發酵處理基地）。

“動物生物安全三級實驗室”于2011年12月獲國家農業部批復從事高致病性禽流感研究活動，成為省級農科院唯一、國內第四個獲準從事高致病性禽流感研究的高級別生物安全實驗室，為我國高致病性禽流感等重大畜禽疫病的創新研究、有效防控和保障畜牧業安全提供科技支撐。

1980年以來，圍繞國家和福建省對畜牧業發展的要求，堅持“以需求問題為導向、以探究問題為根本、以解決問題為目的、以支揮產業為宗旨”的原則，開展畜禽營養、福建特色良種選育與高效養殖及新發或重要疫病病原學、快速診斷與防控技術研發與應用，共獲得國家、省部級科技獎勵成果70多項，其中省部級二等獎以上科技獎勵成果24項。“莆田黑鴨高產系的選育”和“禽霍亂莢膜抗原疫苗的研究”于1991年榮獲國家科技進步三等獎，“雛番鴨細小病毒病病原發現、診斷 和防”于2002年榮獲國家科技進步二等獎，“福建省牛流行性腹瀉的病原診斷 研究”、“雛番鴨細小病毒病活疫苗和快速診斷試劑研究”、“鴨傳染性漿膜炎病原 學及診防技術研究與應用”和“番鴨呼腸孤病毒病活疫苗創制及應用”分別于 1983、2001、2017、2018年榮獲福建省科技進步一等獎。在莆田黑鴨配套系、 白羽半番鴨以及連城白鴨肉用新品系選育研究方面均居全國領先水平，并填補國內該領域空白，獲國家和省科技進步獎十余項。水禽疫苗研究居全國領先水平，“雛番鴨細小病毒病活疫苗”、“番鴨呼腸孤病毒病活疫苗”和“番鴨細小病毒病、小鵝瘟二聯活疫苗”，“分別于2000、2013、2020年獲國家一類新獸藥書”。雛番鴨細小病毒病乳膠凝集試驗和凝集抑制試劑”于2003年獲國家新產品證書，

“鴨傳染性漿膜炎二價滅活疫苗”于2012年獲國家三類新獸藥證書。近十年來，共 發表論文850多篇，出版著作近30部，獲國家授權發明專利近70項，制定行業標準 1項、福建省地方標準13項。

本所高度重視對外合作，與美國密歇根大學醫學中心、英國Pirbright研究所、中國農業科學院、中國農業大學、中國科學院微生物研究所、華南農業大學、臺灣宜蘭大學和臺灣屏東科技大學等建立了長期合作關系。除科研外，本所科技人員發揮專業優勢，通過疾病診療門診、出診、科技服務團隊、建立科技示范基地、設立企業工作站、科技下鄉、進企入場、項目實施、技術培訓、接樣檢測、畜禽疫病調查、科技人員援疆、下村掛職等多種形式，積極有效快捷服務“三農”和鄉村振興，創造了顯著的經濟社會生態效益，為我省乃至我國農民增收、牧業增效及保障我國畜牧業持續健康發展發揮了重要作用。

積極探索適合本所的文化建設，堅持用創新文化的核心價值引領科研創新和科技服務，深入踐行“二十四字”社會主義核心價值觀、“十二字”科學家精神、“八字”院風和“十六字”所訓（福澤“三農”、建功在崗、牧心篤行、業精于勤），著力營造“和諧融洽、積極向上、協作奉獻、持續發展”的良好人文環境，為把本所建成富有特色的高水平地方研究所提供強大的精神動力。